Výskum na katedre je zameraný na štúdium baktérií, kvasiniek a vírusov.
Skúmajú sa rôzne aspekty života mikroorganizmov v komunite (biofilme) ako sú, komunikácia, adaptácia na nepriaznivé podmienky, imunomodulačné vlastnosti povrchových antigénov a ich úloha v adherencii na živé aj neživé povrchy. Ďalšou oblasťou výskumu je štúdium rôznych aspektov antimikrobiálnych vlastností novodizajnovaných nanomateriálov.
V experimentoch sa využívajú moderné fyzikálno-chemické prístupy, ale aj metódy molekulovej biológie a modelovanie. Pozornosť sa venuje výskumu mechanizmov fotodynamickej inaktivácie a možnosti jej využitia v prevencii a eradikácii mikrobiálnych biofilmov rezistentných voči antimikrobiálnym látkam. Pri výskume kvasiniek sa využitím metód molekulárnej genetiky analyzujú molekulárne mechanizmy zodpovedné za rozvoj rezistencie patogénnych a nepatogénnych druhov kvasiniek voči antifungálnym terapeutikám, ako aj možnosti prekonania tohto nežiadúceho fenoménu pomocou rastlinných derivátov.
Výskum v oblasti herpetických vírusov zameraný aj na štúdium bioaktívnych látok izolovaných z kmeňa MHV-68, ktoré pripomínajú rastové faktory a vyznačujú sa antiproliferatívnymi a imunomodulačnými vlastnosťami. V súčasnosti je výskum zameraný aj na štúdium účinkov liečivých látok zo skupiny glykozaminoglykánov a sulfátovaných heteropolysacharidov v podmienkach in vitro a in vivo. Výskum vírusu chrípky je upriamený na štúdium šírenia nízko a vysoko patogénnych vírusov chrípky do mozgu, srdca a sleziny infikovaných myší. Cieľom je objasniť k akej imunitnej odpovedi v týchto orgánoch dochádza s dôrazom na NS1 proteín a jeho vplyv na cytokínové profily v orgánoch infikovaných myší a aká je úloha imunitných buniek v patogenéze vírusu chrípky.
V rámci výskumu zameraného na zoonotické vírusy je sledovaná najmä genetická diverzita a molekulárna evolúcia hlodavcami a inými drobnými cicavcami prenášaných hantavírusov, spôsobujúcich na Slovensku u ľudí hemoragickú horúčku s renálnym syndrómom. V rámci štúdia sú geneticky charakterizované nové kmene hantavírusov identifikované priamo v tkanivách divožijúcich rezervoárových hostiteľov.
Výskum zameraný na štúdium mikrobiómu kliešťa Ixodes ricinus je upriamený najmä na dva na Slovensku sa vyskytujúce patogény, na vírus kliešťovej encefalitídy a baktériu Borrelia burgdorferi. Úlohou výskumu je získať chýbajúce dáta o interakciách medzi spomenutými patogénmi a mikrobiómom kliešťa a preštudovať schopnosť prenosu patogénov a aktiváciu imunitných dráh Ixodes ricinus v polymikrobiálnom prostredí kliešťa.
Významná pozornosť sa venuje aj štúdiu ľudského mikrobiómu u zdravej populácie ako aj pacientov trpiacich neprenosnými ochoreniami. Cieľom výskumu je profilovanie a identifikácia dysbiotických vzorov a kľúčových mikroorganizmov asociovaných s ochorením a štúdium interakcie mikrobiómu s hostiteľom s využitím molekulárnych a bioinformatických prístupov.